腰椎间盘突出症的发病机制主要有3个方面：一为机械压迫，是指突出的椎间盘直接压迫在神经上，引起患者疼痛和麻木等症状；二为化学刺激，是指突出的椎间盘释放某些化学物质，作用于周围的神经，从而出现腰背疼痛等症伏；三为自身免疫反应，椎间盎中间的髓核突出后，暴露于本身不应暴露的环境，机体发现在该环境中出现了异物，于是就对作为异物的髓核进行排斥、攻击，引起局部的炎症反应，出现疼痛等症状。
经过保守治疗后，受压神经的水肿得到一定程度的消退，炎症反应减轻，因此疼痛会有所缓解。但由于包裹髓核的纤维环得到的血供少，自身愈合能力差，因此，已突出的髓核不易被重新包裹，在治疗不当或停止保守治疗时反而会继续突出，并且化学刺激和自身免疫反应不容易控制，所以很容易复发。总而言之，腰椎间盘突出症容易复发是由于椎间盘的结构、它所处的环境和受到的血液供应情况等因素所决定的。
在腰突症手术以后，尽管手术摘除了髓核，但该手术的性质是部分髓核摘除，不可能取出全部髓核组织，仍有部分髓核留在椎间隙，手术后患者保养不够等各种原因，腰椎间退变加速，剩余的髓核组织仍会再次脱出到椎管内，导致腰突症复发。但这种情况的发生率非常低，在8%左右。
